В WordPress реализованы обе технологии, поэтому по сути выбирать не обязательно, но разобраться всё равно стоит.
Пингбэк удобны потому, что не требуется думать и искать особые трэкбаковские ссылки - прямо в тексте указываете адрес, все остальное произойдёт автоматически. Но у пингбэка есть и минусы, рассмотрим их:
Не возможно контролировать отправку этого пинга - в пинге отсылается только ваш адрес, больше никакой информации пинг не несёт.

Комментарий может быть обрезан в самом неподходящем месте. Когда вы напишете комментарий, блог получатель начнёт искать ссылку на свой URL у вас в блоге, найдя эту ссылку он вырезает 100-300 символов вокруг ссылки и публекует это в виде комментария. Очевидно, что в большинстве случаев такие комментарии выглядят бессмысленными.

Проблемы с кодировкой. Блог принимающий ваш пинг вполне может не анализировать кодировку, большинство блогов на Wordpress этого не делают. Таким образом, иногда вместо комментария может получится совершенно невразумительная лабуда. Есть плагины исправляющие этот недочет.
Трэкбэки в данном случае более муторны но и более надёжны, вы можете контролировать процесс отсылки трэкбэка и можете включить в него всю нужную информацию. Поэтому не ленитесь.